《办法》总体上分为正文和附件两个部分，正文按照实物地质资料的收管用等，分为18条，附件一共有7个。
第一条 为加强实物地质资料管理，充分发挥实物地质资料服务作用，根据《地质资料管理条例》（国务院令 第349号）和《地质资料管理条例实施办法》（国土资源部 令第16号），制定本办法。
该部分内容为《办法》的制定目的及依据。
1.《实物地质资料管理办法》是《条例》重要的配套文件。2002年国务院公布了《条例》，2003年国土资源部发布了《地质资料管理条例实施办法》（以下简称《实施办法》），规定了地质资料管理制度以及汇交、保管、利用办法，第一次将实物地质资料纳入了统一汇交管理的范畴。由于实物地质资料具有原始性、唯一性、不可复制、重量大、运输保管困难、库容需求大等特点，且类型多样、数量巨大，保管利用条件与纸质、电子类地质资料有很大不同，所以在《条例》和《实施办法》中关于实物地质资料管理的具体要求较少，很多问题需要后续配套文件给予规定。
《条例》第八条明确提出，“国家规定需要汇交的原始资料和实物地质资料细目，由国务院地质矿产主管部门商国务院有关部门制定”。按照该条规定，根据实物地质资料管理与服务的特点，制定了《办法》。
2.条例中具有普遍意义的条款，同时适用实物地质资料管理，在《办法》中不在重复。例如：（1）关于汇交人的界定，实物地质资料的汇交人与地质资料的汇交人是一致的。（2）关于奖惩条款，执行《条例》及其实施办法中的奖惩条款。
第二条 实物地质资料的汇交、保管和利用，适用本办法。
本条内容为办法的适用范围。
《办法》涵盖实物地质资料管理从汇交、保管到服务利用的全过程，与老《办法》相比，新《办法》尤其细化了实物地质资料保管和利用的相关条款。
需要注意的是，《办法》不涉及实物地质资料生产及生产过程的管理，实物资料的生产及野外现场管理按《地质勘查钻探岩矿心管理通则》（DZ/T0032-92）第2部分“岩矿心的现场管理”的要求执行。
第三条 国土资源部负责全国实物地质资料的汇交、保管和利用的监督管理。
省级国土资源主管部门负责本行政区域内实物地质资料汇交、保管和利用的监督管理。
本条明确了实物地质资料的管理分工，实行国家和省两级管理，这与《条例》规定的地质资料管理体制是一致的。《条例》第三条规定“国务院地质矿产主管部门负责全国地质资料汇交、保管、利用的监督管理，省、自治区、直辖市人民政府地质矿产主管部门负责本行政区域地质资料汇交、保管、利用的监督管理”。